近日，我中心研究人員借助“東方”超級(jí)計(jì)算系統(tǒng)，提出了一種基于Transformer的乳腺癌病理圖像HRD預(yù)測(cè)方法：SuRe-Transformer。該方法解決了將 Transformer應(yīng)用于病理圖像分析時(shí)存在的三個(gè)問題：首先，通過徑向衰減稀疏自注意力有效增強(qiáng)關(guān)鍵區(qū)域Patch的多樣性選擇；其次，使用簇大小加權(quán)采樣策略提升特征區(qū)域的代表性捕獲能力；最后，引入無監(jiān)督對(duì)比學(xué)習(xí)方法優(yōu)化病理圖像特征嵌入質(zhì)量。實(shí)驗(yàn)表明，SuRe-Transformer在多個(gè)獨(dú)立測(cè)試集上的HRD預(yù)測(cè)性能顯著優(yōu)于現(xiàn)有主流方法。此外，SuRe-Transformer具有很強(qiáng)的通用性，在TP53、PIK3CA和MAP3K1等多個(gè)基因突變預(yù)測(cè)任務(wù)中AUC均超過0.844。

該研究成果被《npj Precision Oncology》（中國(guó)科學(xué)院一區(qū)TOP）期刊錄用。運(yùn)行與應(yīng)用服務(wù)室在讀博士生欒海晶為論文第一作者，遲學(xué)斌研究員為指導(dǎo)教師。該研究得到國(guó)家自然科學(xué)基金重大研究計(jì)劃和中國(guó)科學(xué)院戰(zhàn)略性先導(dǎo)科技專項(xiàng)（B類）資助。

SuRe-Transformer架構(gòu)圖

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